Программа благотворительной деятельности Внешэкономбанка формируется в конце каждого года и утверждается наблюдательным советом Внешэкономбанка. Большинство благотворительных проектов Банка реализуются на долгосрочной основе в течение 10 и более лет. Помимо этого, каждый год благополучателями Внешэкономбанка становятся все новые социально значимые организации.
Внешэкономбанк на долгосрочной основе поддерживает ряд специализированных медицинских учреждений: НИИ детской онкологии и гематологии Российского научного центра имени Н.Н. Блохина, Московскую областную психоневрологическую больницу для детей с поражениями ЦНС, Первый хоспис для детей с онкологическими заболеваниями и т.д. В число благополучателей Банка также входят организации, оказывающие помощь незащищенным слоям населения: сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей, ветеранам Великой Отечественной войны, семьям военнослужащих, погибших в горячих точках, инвалидам.
В 2013 г. Внешэкономбанк перечислил все средства, которые планировалось потратить на проведение корпоративных новогодних мероприятий, а также на подарки для клиентов и партнеров, Ленинской центральной районной больнице в Еврейской автономной области, которая занималась оказанием первичной медицинской и специализированной помощи жертвам сильнейшего наводнения на Дальнем Востоке.
В рамках сотрудничества с ведущими российскими учреждениями науки, образования, культуры и искусства Внешэкономбанк на протяжении многих лет поддерживает Московский театр «Мастерская П.Н. Фоменко», Академию молодых оперных певцов Мариинского театра Санкт-Петербурга, Государственный музей изобразительных искусств им. Пушкина, музеи Московского Кремля, Политехнический музей, а также выплачивает стипендии наиболее одаренным студентам МГИМО, МГУ, Финансового университета и ВШЭ.
История Мариинского театра ведет свой отсчет с 1783 г., когда на Карусельной площади Санкт-Петербурга был торжественно открыт Большой (Каменный) театр. Свое нынешнее название театр получил в 1859 г. в честь царствующей императрицы Марии Александровны, супруги Александра II. За более чем два столетия театр подарил миру многих великих артистов и упрочил великие традиции российской музыкальной сцены. В 2013 г. Мариинский театр отметил 230-летие творческой деятельности.
Внешэкономбанк оказывает поддержку созданной при Мариинском театре Санкт-Петербурга Академии молодых оперных певцов фактически с момента ее основания в 1998 г. За это время Академия воспитала не одно поколение молодых дарований из разных уголков России, стран СНГ, Западной
Европы и Америки. Солисты Академии принимают участие в оперных постановках Мариинского театра, многочисленных музыкальных фестивалях в России и за рубежом, а также неоднократно становились лауреатами и дипломантами международных конкурсов.
Внешэкономбанк придает особое значение деятельности по поддержке Русской православной церкви, направленной на сохранение памятников исторического культурного наследия, возрождение духовных ценностей и приобщение к ним молодого поколения. В 2013 г. при поддержке Внешэкономбанка осуществлялось строительство свыше 10 храмов, церквей и монастырей на территории России, а также православного монастыря св. Георгия Победоносца в г. Гетшендорфе (Германия). Банк также продолжил участие в проекте по строительству Центра духовного развития детей и молодежи при Московском Даниловом монастыре.
Одним из центральных направлений благотворительной деятельности Внешэкономбанка является поддержка спорта высоких достижений. В 2013 г. Банк оказывал содействие спортивным федерациям и национальным сборным командам страны по волейболу, велоспорту и регби, а также принимал участие в подготовке к чемпионату мира по футболу в 2018 г.
В целях сохранения многообразия флоры и фауны начиная с 2010 г. Внешэкономбанк приступил к реализации нового направления благотворительной деятельности по поддержке природоохранных проектов. В рамках данного направления в число постоянных благополучателей Банка уже вошли национальные парки «Беловежская пуща» и «Припятский», а также Евроазиатский центр сохранения леопардов.